ヤマユリ亜属
・ヤマユリ ：日本を代表するユリの１つ。大きな白い花に黄筋、赤い斑点の豪華な自然種。
・サクユリ ：ヤマユリの赤い斑点のないタイプ。伊豆諸島にのみ自生する貴重種。花は大輪で径が３０ｃｍにもなる。
テッポウユリ亜属
・ササユリ ：葉の形が笹に似た桃色のユリで芳香性がある。乱獲のため減っている。
・オトメユリ（ヒメサユリ） ：非常に小型ので桃色のユリ。
・テッポウユリ ：真っ白なラッパ型のユリ。
・チョウタロウユリ ：テッポウユリの葉に白い筋（斑（ふ））が入る。
・タカサゴユリ ：テッポウユリタイプで花の外側に少し桃色が入る。
・ハカタユリ ：テッポウユリタイプで花の外側に少し桃色が入る。
・ウケユリ ：香りが強く、花は純白で形も良く非常に美しい。
・タモトユリ ：白色で、テッポウユリの仲間では唯一の受咲き（上向き咲き）。
・リーガルユリ ：中国産、白に中央がやや黄色の花で、トランペットリリーとも言われる。
カノコユリ亜属
・カノコユリ ：桃色で花びらが大きく反り返る。
・シロカノコユリ ：カノコユリの白色種。
・キカノコユリ ：カノコユリの黄色種。
・オニユリ ：朱色で茎の葉の付け根ににムカゴ（小さい球根）が出来る。
・黄金ユリ ：オニユリの黄色変異種。
・コオニユリ ：オニユリの小型版。ムカゴは出来ない。
・キヒラトユリ ：コオニユリの黄色変異種。
・クルマユリ ：登山道などに見られる。花はオレンジ色で小型。葉が輪生しており、それが名前の由来になっている。
・タケシマユリ ：朝鮮の武島にのみ自生する。花はオレンジ色、小型で広がる。臭いは悪い。
スカシユリ亜属
・エゾスカシユリ ：朱色
・ヒメエゾスカシユリ ：朱色
・イワトユリ ：朱色
・ニホンヒメユリ ：赤色
・チョウセンヒメユリ ：朝鮮原産の朱色のユリ
・ニホンキヒメユリ ：黄色
・イトハユリ
・マツバユリ